Historia Centrum Organizacji Pozarządowych w Koninie rozpoczyna się w 2012 roku, kiedy to Pełnomocnik ds. Osób Niepełnosprawnych i Organizacji Pozarządowych Bartosz Jędrzejczak przedstawił Prezydentowi Miasta Konina koncepcję utworzenia nowej jednostki Urzędu Miejskiego, której zadaniem miało być współdziałanie Urzędu Miejskiego z III sektorem. Propozycja spotkała się z pozytywnym przyjęciem i już wkrótce ruszyły pierwsze prace nad budową nowego wydziału.
Na siedzibę Centrum Organizacji Pozarządowych wybrano budynek po dawnej księgarni mieszczący się przy ulicy 3 Maja 1-3. Prace wykonawcze trwały niemal dwa lata. Nowy wydział, wedle założeń, miał zostać przystosowany całkowicie do potrzeb osób niepełnosprawnych, a to wymagało remontu całego budynku. By dać przynajmniej drobne świadectwo tego, jak remont był trudny i czasochłonny, u dołu niniejszej strony można obejrzeć zdjęcia siedziby Centrum z czasu jej powstawania.
Oficjalne otwarcie Centrum Organizacji Pozarządowych miało miejsce 26 lutego 2014 roku. W tym samym budynku, w którym mieści się obecnie Centrum, powstały również: Blues Hostel, Akademia Życia – mieszkania treningowe dla osób niepełnosprawnych oraz sklep ze sprzętem medycznym; przeniosło się tam także biuro Pełnomocnika ds. Osób Niepełnosprawnych.
Obecnie Centrum Organizacji Pozarządowych zdecydowanie poszerzyło zakres swoich działań. Poza obsługą organizacji pozarządowych i pełnieniem roli łącznika między Urzędem Miejskim i III sektorem, Centrum zajmuje się obsługą Konińskiego Budżetu Obywatelskiego oraz konkursem o fundusz wkładów dla organizacji pozarządowych. Warto wyróżnić też działalność społeczną, jaką prowadzi Centrum, gdyż to w jego siedzibie mają miejsce działania promujące aktywność lokalną, współpracę, szkolenia, doradztwo i pomoc dla osób związanych z organizacjami pozarządowymi.
W 2017 roku Centrum Organizacji Pozarządowych wprowadziło w życie „Standardy Dostępności dla Miasta Konina”, czyli wytyczne dla projektantów i uzgadniających, opisujące szczegółowo w jaki sposób, dla osób niepełnosprawnych, mają zostać dostosowane nowo powstałe elementy infrastruktury miejskiej Konina.